三域系統

三域系統是由Carl Woese在1990年提出的生物分類，將原核生物分成了兩大類，起初稱為真細菌（Eubacteria）和古細菌（Archaebacteria）。Woese依據16S rRNA序列上的差別，認為這兩類生物和真核生物一起從一個具有原始遺傳機製的共同祖先分別進化而來，因此將三者各置為一「域」（Domain），作為比界高的分類系統，并分別命名為細菌域（Bacteria）、古菌域（Archaea）和真核域（Eukarya）。

然而，rRNA樹有可能將進化太快的類群放錯位置（比如微孢子蟲）。有人認為生物的根應該在真細菌之內，很多真細菌的類群在古細菌之前分支出來，很晚古細菌和真核生物才彼此分開。

基於rRNA序列的系統發生樹，顯示了可明顯區別的三支：細菌（Bacteria）、古菌（Archaea）和真核生物（Eukarya）

三域特徵比較

特徵	細菌 Bacteria	古菌 Archaea	真核生物 Eukarya
形態和遺傳
原核細胞結構	是	是	否
共價閉合環狀DNA	是	是	否
組蛋白	無	有	有
被膜包圍的核	無	無	有
細胞壁	含胞壁酸	不含胞壁酸	不含胞壁酸
膜脂質	酯鍵連接	醚鍵連接	酯鍵連接
核糖體大小	70S	70S	80S
起始tRNA	甲酰蛋氨酸	蛋氨酸	蛋氨酸
多數基因中有内含子	否	否	是
操縱子	有	有	無
mRNA加帽和聚A尾	無	無	有
質粒	有	有	稀少
核糖體對白喉毒素敏感	否	是	是
RNA聚合酶	1個（4亞基）	幾個（各8~14亞基）	3個（各12~14亞基）
需要轉錄因子	否	是	是
啓動子結構	-10和-35序列（Pribnow框）	TATA框	TATA框
對氯黴素、鏈黴素和卡那黴素敏感	是	否	否
生理
產甲烷作用	無	有	無
還原S或SO42-到H2S，或Fe3+到Fe2+	有	有	無
硝化	有	有	無
脫氮	有	有	無
固氮	有	有	無
基於葉綠素的光合作用	有	無	有（在葉綠體中）
基於視紫紅質的能量代謝	有	有	無
化能營養（Fe, S, H2）	有	有	無
氣泡	有	有	無
聚-β-羥基脂肪酸作爲碳儲存顆粒	有	有	無
在80℃以上生長	有	有	無
在100℃以上生長	無	有	無

參見

系統發生樹，生物分類