古坑乡的行政区划在1684年是属于他里雾庄与斗六社共同管辖，1764年属于他里雾堡与斗六门堡管辖，1875年本乡分别属于嘉义县打猫东顶堡以及他里雾堡管辖。1897年隶属于嘉义县，1945年后属于云林县管辖。
