古坑鄉的行政區劃在1684年是屬於他里霧莊與斗六社共同管轄,1764年屬於他里霧堡與斗六門堡管轄,1875年本鄉分別屬於嘉義縣打貓東頂堡以及他里霧堡管轄。1897年隸屬於嘉義縣,1945年後屬於雲林縣管轄。