李登輝政府(執政期間:1988年-2000年)是蔣經國總統去世後的繼承者，1992年與中國大陸說了九二共識，1996年開放總統民選引發1996年台灣海峽飛彈危機，1999年以個人名義訪問美國母校康乃爾大學，提出了兩國論使中共當局不滿。