清大校巴

校園巴士候車站，攝於綜二館對面

清華大學有多條路線供師生搭乘，以利往返各校舍、校區、聯盟學校，或其他機構。如校園巴士 (校本部內行駛)、校區區間車 (校本部和南大校區間運輸)、台聯大系統專車 (前往交大、中央、陽明)、中研院區間車 (前往中央研究院)、同步－國衛院區間車 (前往同步輻射中心、科技生活館)。2019年11月1日起，新竹市公車83路開通，可前往新竹轉運站、南大校區。

校內車站列表

車站名稱	簡稱	前稱	車站週邊	備註
北校門口 North main gate	校門		北校門口 (大門) 化學館 研發大樓	有兩個搭乘處，校巴和同步區間車是共用同一個，位於研發大樓對面； 而校區區間車、台聯大、中研院區間車、83號公車則皆位於化學館圓環旁。
綜二館 General Building II	綜二 貓底	蘇格貓底	第二綜合大樓 第三綜合大樓 教育館 小吃部 大禮堂 百齡堂：清華水樣餐廳 (原蘇格貓底) 清華名人堂 蒙民偉樓 物理館 第一綜合大樓 (行政大樓) 合勤演藝廳 成功湖 水木生活中心 風雲樓	校巴加開班次發車地點。
楓林小徑 Maple Path	女舍	女舍	雅齋 靜齋 慧齋 文齋 駐警隊 工科館 綠能大樓 (李存敏館)	僅校園公車停靠
人社院 College of Humanities and Social Sci.	人社	生科院	人文社會館 生命科學二館 生命科學一館 蝴蝶園 梅園 工科館 相思湖 十八尖山清華大學登山口
台積館 TSMC Building	台積		南校門口 台積館 創新育成中心 藝文大樓
南門停車場 South Gate Parking Lot	南門	清華實驗室	清華實驗室 南門停車場 舊南校門	僅校園公車停靠
奕園停車場 Yi Pavilion Parking Lot	奕園		加速器館 同位素館 國立交通大學	僅校園公車停靠

校園公車

分成紅線和綠線，差別在於逆時針和順時針繞行校本部南校區。且發車地點有分成校門口和綜二館 (前稱蘇格貓底，今部分車輛仍會如此標示)。綜二館發車的班次主要是下課間為了疏運大量學生而加開之班次，避免在北校門載客後逼近客滿，而導致綜二館往往無法上車的情形。惟要注意綜二館發車之班次其終點仍為綜二館。基本上為中型巴士，部分班次為大型巴士。免費且不需出示證件。

• 紅線：北校門→綜二館→楓林小徑→人社院→台積館→南門停車場→奕園停車場→楓林小徑→綜二館→北校門
• 綠線：北校門→綜二館→楓林小徑→奕園停車場→南門停車場→台積館→人社院→楓林小徑→綜二館→北校門

校區區間車

為往返校本部和南大校區的專車，基本上是大型巴士，部分班次為中型巴士。為避免校本部學生利用區間車前往校本部南校區 (俗稱上山)，開往南大校區的車輛只能上車無法下車；自南大校區開回的則不受限。免費且不需出示證件。

• 往南大校區：北校門→綜二館→人社院→台積館→南大校區 (除最後一站外，各站皆只能上車)
• 往校本部：南大校區→台積館→人社院→綜二館→北校門

台灣聯合大學系統跨校選授課校際專車

跨校選修課的學生以及公務上需要的教職員可申請座位搭乘，在清大、交大、中央、陽明間往返。若無申請者，則視空位斟酌給予上車，免費，須出示證件。

班次部分每學年都會有所微調，以官網為準。搭乘處為北校門 (同南大區間車)。

中研院區間車

為中央研究院開辦之路線，提供大學學生前往中研院。僅於每週一、三、五行駛。搭乘處為北校門 (同南大區間車)。

• 中央清大線：中研院→中央大學→清華大學→中央大學→中研院
• 交大清大線：中研院→交通大學→清華大學→交通大學→中研院

清大－同步－國衛院區間車

為同步輻射中心開辦之路線，提供清大學生前往同步輻射中心、科技生活館，並可於新安站再轉乘科園巡迴巴士紫線前往國家衛生研究院。僅於每週一至五行駛。為避免校本部學生將區間車作為校園巴士使用，開往校外的車輛只能上車無法下車；自校外開回的則只能下車不能上車。

• 往：北校門→綜二館→人社院→台積館→同步輻射→新安站→科技生活館 (清大內只能上車)
• 返：科技生活館→新安站→同步輻射→台積館→人社院→綜二館→北校門 (清大內只能下車)

83路公車

主條目：新竹市公車83路

為新竹市政府開辦之路線，串聯清大兩大校區，並駛進清大校本部內，無論是否刷卡全票15元、半票8元，清華大學教職員工憑一卡通14元，及學生憑一卡通12元。

• 路線：北校門→綜二館→人社院→台積館→雞蛋面→高峰植物園→萬佛寺→介壽山口→建華國中→學園商場→新竹轉運站→警察宿舍→東南街口→竹蓮街→西大路→新竹國小→南大校區→成德路